في المباراة الثانية من كأس العالم لكرة القدم 2006 أمام منتخب كوريا الجنوبية لكرة القدم، حصل زيدان في آخر الشوط الثاني على بطاقة صفراء، وقد كانت هذه البطاقة هي الثانية له في البطولة، مما أدى إلى إيقافه في المباراة الثالثة أمام منتخب توغو لكرة القدم.
و في الدور الثاني لعب أمام منتخب أسبانيا لكرة القدم، واستطاع أن يسجل هدفا ويصنع هدفا آخر لتفوز فرنسا 3-1، وفي دور الثمانية، لعب منتخب فرنسا لكرة القدم مع منتخب البرازيل لكرة القدم، واستاطعت فرنسا أن تفوز على حامل اللقب بهدف لتيري هنري من صنع زيدان، وقد تم اختياره رجل المباراة، وفي مباراة دور الأربعة أمام منتخب البرتغال لكرة القدم، سجل زيدان هدفا من ركلة جزاء في مرمى الحارس البرتغالي ريكاردو ليقود فرنسا إلى التأهل إلى نهائي كأس العالم لكرة القدم.
و في 9 يوليو لعب زيدان مباراته النهائية الثانية في كأس العالم، وكانت آخر مباراة في مسيرته الكروية، وقد سجل هدفا في الدقيقة السابعة من زمن المباراة من ركلة جزاء، وقد أصبح أحد أربعة لاعبين سجلوا أهداف في نهائيين مختلفين لكأس العالم لكرة القدم واللاعبون هم بيليه وبول بريتنر وفافا، وأصبح بعد هذا الهدف أحد هدافي المباريات النهائيةلكأس العالم لكرة القدم، وفهو الهدف الثالث له، وقد شارك كل من فافا وجيوف هورست وبيليه، وقد طرد في الدقيقة 110 بسبب حركة غير رياضية بينه وبين ماركو ماتيرازي، وبالرغم من هذا الطرد، فإن زيدان قد اختير أفضل لاعب في كأس العالم 2006..
