منعت الإصابات زيدان في اللعب مما أدى من اللعب في أول مباراتين في بطولة كأس العالم لكرة القدم 2002، وعاد في المباراة الثالثة، وقد خرج منتخب فرنسا لكرة القدم من الدور الأول ولم يسجل أي هدف، غير إنَ زيدان اختير كأفضل لاعب في تلك المباراة.
و في كأس الأمم الأوروبية لكرة القدم 2004، بدأ منتخب فرنسا لكرة القدم بداية قوية، حيث فازوا على منتخب إنجلترا لكرة القدم بعد أن سجل زيدان هدفين الأول من ركلة حرة والثاني من ضربة جزاء، ولكن الفريق خسر في الدور ثمن النهائي أمام منتخب اليونان لكرة القدم الذي توج بلقب البطولة فيما بعد، وفي 12 أغسطس 2004، قرر زين الدين زيدان أن يعتزل اللعب على المستوى الدولي.
و عانى منتخب فرنسا لكرة القدم في طريقة إلى التأهل إلى كأس العالم لكرة القدم 2006، وفي 3 أغسطس 2005 عاد زيدان إلى اللعب دوليا مع المنتخب، وقد ساعد المنتخب على التأهل إلى كأس العالم لكرة القدم 2006، وفي 25 أبريل 2006 أعلن زيدان أنه سيعتزل كرة القدم بعد نهائيات كأس العالم لكرة القدم 2006.
لعب زيدان مباراته رقم 100 مع منتخب فرنسا لكرة القدم في 27 مايو 2006 أمام منتخب المكسيك لكرة القدم.
